【2026年11月最新】フレックスタイム制とは？清算期間・コアタイム・残業代の計算と導入手続きを社労士事務所向けに整理｜顧問先の労働時間管理をAIで自動化する方法

「フレックスタイム制を入れたいのですが、残業代はどう数えるのですか」——勤怠の相談の中でも、導入の手続きと、導入後の労働時間の集計の両方で、事務所の手がかかるのがフレックスタイム制です。

フレックスタイム制とは、あらかじめ定めた一定期間（清算期間）の総労働時間の範囲内で、労働者が日々の始業・終業時刻と労働時間を自分で決められる制度です。導入には、就業規則等への規定と労使協定の締結が必要で、導入後は、1日8時間・週40時間を超えても、ただちに時間外労働にはなりません。時間外労働になるのは、清算期間の実労働時間が法定労働時間の総枠を超えた分です。

この記事では、フレックスタイム制の目的と仕組み、導入の手順、残業代の計算方法、メリット・デメリット、運用のポイントを、厚生労働省の資料にもとづいて整理します。そのうえで、清算期間ごとの労働時間の集計と過不足の確認という、事務所の負担が大きい作業を、AI社員AIKATAに任せて自動化する方法も紹介します。

01 OVERVIEW １．フレックスタイム制とは？目的と仕組み 日々の始業・終業時刻を労働者が決められる制度

1-1. フレックスタイム制の目的

1-2. フレックスタイム制の仕組み：コアタイムとフレキシブルタイム

用語	意味	制度上の位置づけ
清算期間	労働時間を清算する単位期間。上限は3か月	労使協定で定める必須事項
総労働時間	清算期間中に労働すべき時間（所定労働時間）	労使協定で定める必須事項
標準となる1日の労働時間	年次有給休暇を取得したときに、働いたものとして扱う時間の基準	労使協定で定める必須事項
コアタイム	必ず勤務する時間帯	設けるかどうかは任意
フレキシブルタイム	自由に出退勤できる時間帯	設けるかどうかは任意

1-3. 裁量労働制との違い

フレックスタイム制は、始業・終業時刻を労働者に委ねる制度で、賃金は実際に働いた時間で計算します。一方、裁量労働制は、実際の労働時間にかかわらず、あらかじめ定めた時間働いたものとみなす制度です。この違いは、残業代の計算に直結するため、顧問先から混同した質問が出やすい箇所です。

02 INTRODUCTION ２．フレックスタイム制の導入手続き：就業規則と労使協定 導入の要件は、就業規則等への規定と労使協定の締結

2-1. 就業規則への明文化と社内周知

まず、就業規則等に、始業・終業の時刻を労働者の決定に委ねる旨を規定します。常時10人以上の労働者を使用する事業場は、就業規則の変更を労働基準監督署に届け出ます。規定した内容は、従業員に周知する必要があります。

2-2. 労使協定の締結

次に、労使協定で、次の事項を定めます。

清算期間が1か月を超える場合は、この労使協定を所轄の労働基準監督署長に届け出る必要があります。1か月以内の場合は、届出は不要です。

2-3. 導入の流れ

03 OVERTIME ３．フレックスタイム制の残業代（時間外労働）の計算方法 時間外労働は、清算期間の総枠を超えた時間で判断する

3-1. 法定労働時間の総枠

フレックスタイム制では、1日8時間・週40時間を超えた日や週があっても、ただちに時間外労働にはなりません。清算期間全体の実労働時間が、法定労働時間の総枠を超えた分が、時間外労働になります。総枠は、次の式で求めます。

法定労働時間の総枠 ＝ 週の法定労働時間（40時間）× 清算期間の暦日数 ÷ 7

清算期間が1か月の場合の暦日数	法定労働時間の総枠（週40時間の場合）
31日	約177.1時間
30日	約171.4時間
29日	約165.7時間
28日	160.0時間

労使協定で定める総労働時間は、この総枠の範囲内に収める必要があります。なお、特例措置対象事業場（週44時間）は、総枠の計算の基準が異なります。

3-2. 清算期間が1か月を超える場合の計算ルール

清算期間が1か月を超える場合は、次の2つの基準で時間外労働を判定します。

繁忙月に労働時間が偏った場合でも、月ごとの上限が働くため、過度な偏りは防がれます。

3-3. 深夜労働・休日労働が発生した場合の手当

フレックスタイム制でも、深夜（22時〜5時）の労働には深夜割増賃金（25%以上）、法定休日の労働には休日割増賃金（35%以上）が必要です。時間外労働（25%以上）とは別に、これらの割増を判定します。時間外労働をさせるには、36協定の締結と届出も必要です。

3-4. 不足労働時間が発生した場合の賃金控除

清算期間の実労働時間が、総労働時間に足りなかった場合は、その不足分を賃金から控除するか、次の清算期間に繰り越すかを選べます。ただし、繰り越すのは、法定労働時間の総枠の範囲内に限られます。逆に、超過した時間を、賃金を払わずに次の期間へ繰り越すことはできません。

04 PROS & CONS ４．フレックスタイム制のメリット・デメリットと運用のポイント メリットだけでなく、向かない職種とコミュニケーションの課題も

4-1. フレックスタイム制のメリット

4-2. フレックスタイム制のデメリットと注意点

4-3. よくある誤解：「ずるい」「普及しない」と言われる理由

「フレックスタイム制はずるい」といった声は、対象者と対象外の人の間で、働き方の自由度に差が出ることから生まれます。また、制度が普及しにくい理由としては、すべての職種に適しているわけではないこと、通常の制度と評価の基準が変わること、コミュニケーション不足の解消が難しいことなどが挙げられます。導入前に、対象範囲と評価の方法をきちんと説明しておくことが重要です。

4-4. 運用を成功させるポイント

4-5. 働き方改革関連法による清算期間の延長（1カ月から3か月へ）

働き方改革関連法により、2019年4月から、清算期間の上限が1か月から3か月に延長されました。延長の背景には、月ごとに繁閑差がある職場で、繁忙月の労働時間を閑散月に調整しやすくする狙いがあります。清算期間が1カ月以上ある場合の時間外労働の計算は、3-2で述べた二重の基準で判断します。1ヶ月を超える期間では、労使協定の届出も忘れずに行います。

4-6. フレックスタイム制の残業時間の計算と削減効果

フレックスタイム制の残業時間は、清算期間ベースで正確に把握する必要があります。月60時間を超えた時間外労働には、5割以上の割増賃金率が適用されます。この規定は、2023年4月から中小企業にも適用されています。一方で、日々の忙しさに合わせて労働時間を配分できるため、時間外労働の削減効果が期待でき、結果として残業代の抑制につながる場合もあります。

4-7. スーパーフレックスタイム制・裁量労働制・変形労働時間制との違い

制度	特徴	労働時間の扱い
フレックスタイム制	コアタイム等を定め、始業・終業時刻を労働者に委ねる	実労働時間で清算
スーパーフレックスタイム制	コアタイムを設けず、完全に労働者に委ねる	実労働時間で清算
裁量労働制	業務の進め方を労働者に委ね、みなし時間働いたものとする	みなし労働時間
変形労働時間制	期間内で週平均40時間に収まるよう、使用者が日々の時間を割り振る	使用者が事前に決めた所定労働時間

変形労働時間制は使用者が日々の労働時間を決める制度で、フレックスタイム制とは決定権の所在が逆です。顧問先が制度を選ぶ際は、この違いを軸に整理すると分かりやすくなります。

4-8. 対象となる従業員の範囲設定と、適した職種を見極める

労使協定では、対象となる従業員の範囲設定が必要です。全社一律ではなく、フレックスタイム制に適した職種を見極め、開発・企画・事務などの部署に絞って導入する顧問先も多くあります。来店対応や、交代制の現場など、時間を固定する必要がある業務は、対象から外す判断が必要です。

4-9. 勤怠管理・労働時間把握が複雑化する：遅刻・早退と勤務時間外の連絡

フレックスタイム制では、遅刻や早退の概念が通常と変わります。コアタイムがある場合は、コアタイムへの遅刻・早退が管理の対象になります。コアタイムがない場合は、清算期間の総労働時間に対する不足として扱われます。また、勤務時間外に仕事の連絡が来ることで、労働時間の線引きが曖昧になる懸念もあります。連絡のルールや、チャットツールの利用時間帯を決めておくと、トラブルを防げます。

4-10. 社内周知を徹底し、中核となるコアタイムを設計する

就業規則の変更届の記入例やひな形（ワード形式）は、労働基準監督署や各種のマニュアルで入手できますが、顧問先の実態に合わせた修正が必要です。制度の内容、中核となるコアタイムの時間帯、時間外労働の扱いは、従業員への周知を徹底します。コミュニケーション不足の対策として、1on1やチャットツールの活用で補完し、ストレスの少ない運用を目指します。評価基準も、時間ではなく成果を見る形に見直しておくと、制度が定着します。

4-11. 勤怠管理体制の整備とクラウド勤怠管理の活用、今後の法改正の動向

就業規則や労使協定を含めて、勤怠管理体制を整備することが、運用の土台です。クラウド勤怠管理を活用すれば、清算期間の累計時間を日々正確に把握できます。労働基準法改正の動向は、中小企業の勤怠管理にも影響するため、今後の法改正を見据えて、厚生労働省の発表を継続的に確認し、見据えた体制づくりを顧問先に助言していくことが重要です。理解を深めて、柔軟な働き方を支える視点が、事務所には求められます。

働き方の他の制度との関係は、7連勤の違法性の記事、残業代の計算方法の記事、法改正の全体像は労働基準法の改正の記事でも整理しています。

05 THE LIMITS フレックスタイム制の労働時間管理は、事務所の手作業だけでは限界がある 顧問先が増えるほど、確認と転記の二度手間が事務所に積み上がる

フレックスタイム制の労働時間管理は、1つの計算は単純でも、顧問先の数×対象者の数×清算期間ごとの集計を繰り返す事務作業です。給与計算の締めと重なると、確認が後回しになりがちです。

どれも、先生方や職員の方の努力不足ではありません。顧問先ごとに違う締め日・手当・ルールを、人の記憶と注意力で毎回ていねいに照合するという仕組みそのものが、顧問先の数と繁忙期の波に耐えられないのです。ここで多くの事務所は「ソフトを替える」「人を増やす」を考えますが、替えても増やしても、顧問先ごとのルールを確認して入力する作業は消えません。

ソフトを替えなくても、作業そのものを任せる道がある——次の章では、その考え方を説明します。

06 AUTOMATE THE WORK 【核心】フレックスタイム制の労働時間管理の事務作業をAIで「毎回自動で回る仕組み」にする 効率化ではなく自動化。事務作業の流れそのものをAIに渡す

6-1. 「AIに聞いて早くする」と「AIが毎月の作業を自動で回す」は別物

AIにフレックスタイム制の労働時間管理の疑問を質問して答えを早く得るのは効率化です。調べ物は速くなりますが、顧問先から資料を集め、ソフトに入力し、数字を確かめる作業は、これまでどおり職員の手で続きます。

一方、Claude Code／Codexで組み立てるのは自動化です。決まったタイミングで、顧問先ごとのデータを集め、計算し、ソフトに入力し、確認用の資料にまとめるところまでを、AIが自動で回します。職員の仕事は、上がってきた結果を見て承認することが中心になります。

フレックスタイム制の集計の本質は、決まったデータから決まった式で、毎期同じ判定を繰り返すことです。ルールが明確で、繰り返しが多い作業ほど、AIに任せたときの効果が大きくなります。

6-2. これまで職員がやっていた作業 vs AIに任せた後

これまで職員がやっていた作業	AIに任せた後
勤怠データを清算期間ごとに手で合計する	勤怠データからAIが清算期間ごとの実労働時間を集計する
総枠（暦日数×40÷7）を月ごとに電卓で出す	AIが清算期間の暦日数から総枠を自動計算する
1か月超の期間で、月ごとの50時間基準と期間全体の総枠を二重に確認する	AIが二重の基準で時間外労働の時間を判定する
深夜・休日の時間を別に拾って割増の対象を確認する	AIが深夜・休日の対象時間を抽出して一覧にする
不足・超過の精算内容を顧問先ごとに文面にまとめる	精算内容の一覧と報告文の下書きをAIが作成し、承認待ちまで進める

ポイントは、いま事務所が使っている給与ソフト・勤怠システム・電子申請の環境をそのまま使い続けられることです。ソフトの乗り換えと違い、顧問先に操作の変更をお願いする必要はありません。置き換わるのは、ソフトの前後にある「集める・転記する・確かめる」という手作業の部分です。

6-3. 社労士法との線引き：1号・2号業務は先生方、AIが担うのはその前の事務作業

労使協定の内容の助言、就業規則の作成、労働基準監督署への届出の提出代行は、社会保険労務士法に基づき先生方が行う業務です。顧問先への最終的な説明と判断も、先生方が行います。AIが担うのは、勤怠データの集計・時間外の判定・精算一覧と報告文の下書き作成といった、その前段の事務作業です。

07 BUILD OR DELEGATE 増員・外注・自作では、フレックスタイム制の労働時間管理の事務作業は片づかない 4つの選択肢のうち3つは、事務所の悩みを別の悩みに置き換えるだけ

フレックスタイム制の労働時間管理の負担を減らす選択肢は、大きく4つあります。結論から言うと、4つのうち3つは、事務所の悩みを別の悩みに置き換えるだけです。

選択肢	よくある期待	実際に行き詰まる所	判定
①職員を増やす	人手で丁寧に見れば、間違いは防げる	顧問先と対象者が増えると、清算期間の締めに作業が集中し、確認の漏れと属人化が起きやすい	❌
②従来型の外注・BPO	集計ごと外に出せば、事務所の手が空く	顧問先ごとの労使協定の内容を外注先に説明し、上がってきた集計の確認と手直しが事務所に残る	❌
③事務所でAIを自作する	勤怠ソフトの機能で全部まかなえる	ソフトの設定の範囲を超える顧問先ごとの例外は、結局、手作業の確認に戻る。顧問先にソフトの乗り換えを頼む必要も出る	❌
④AI社員AIKATAに任せる	作業そのものを預け、事務所は承認だけにする	（該当なし）	✅

7-1. ①増員・②外注で片づかない理由

7-2. ③自作で越えられない壁

①〜③に共通するのは、どれも人か仕組みを事務所が抱え続ける道だということです。

08 WHAT IS AIKATA AI社員AIKATAとは——事務所の事務作業を丸ごと受託するサービス 増員・外注・自作のどの壁にも引っかからない、4つめの選択肢

AI社員AIKATA（AI社員AIKATAを運営する弊社・株式会社GENAI）は、給与計算・勤怠の集計・入退社手続きの書類の下準備・算定基礎届や労働保険の年度更新の下準備・帳票の作成・顧問先への資料回収や一次対応など、職員がパソコンで行っている事務作業を、AIと人の二重体制で丸ごと受託する業務代行サービスです。

たとえば、顧問先の勤怠データを清算期間ごとに集計し、法定労働時間の総枠との比較、時間外・深夜・休日の判定、不足・超過の精算一覧、顧問先への報告文の下書きまでを、AIKATAが進めます。同じ仕組みは、36協定の上限時間の管理や、年次有給休暇の取得状況の確認にも使えます。

8-1. AIKATAの運用の特徴

8-2. 導入の流れと、事務所に必要なもの

仕組みの構築・運用はAIKATAが行うため、事務所にAIの知識は不要です。まず無料相談（60分・オンライン／Google Meet）で、業務の棚卸しと「どこまで任せられるか」の整理を行います。相談だけで契約の義務は生じません。全国の事務所に対応しています。

給与・人事のデータは、NDA（秘密保持契約）を結んだうえで、受け渡しと保管のルールを事務所の規程に合わせて決めます。料金は月額の定額制で、業務量が増えても料金は変わりません。

09 COMPARISON & CONCLUSION 残る道は「作業そのものを任せる」だけ 手作業・ソフトの追加や乗り換え・AIKATA、3つを並べて比較する

ここまでの内容を、フレックスタイム制の集計に関わる事務作業という観点で3つの道に分けて並べます。

	手作業のまま	ソフトの追加・乗り換え	AIKATAに任せる
締めの時期の負荷	❌ 給与計算の締めと重なり、確認が後回しになる	△ 入力は楽になるが集計と判定は残る	✅ 締めの時期も人を増やさず処理量を増やせる
顧問先ごとのルール	△ 担当者の記憶と表計算ソフトに依存する	△ ソフトの設定の範囲に限られる	✅ 顧問先ごとのルールが仕組みに残る
顧問先への負担	✅ 変更なし	❌ ソフトの乗り換えを頼む必要がある	✅ いまのソフトのまま変更不要
職員の採用・教育	❌ 勤怠の計算に詳しい職員の採用難・引き継ぎの負担が続く	△ 新しい操作の教育が必要	✅ 事務所にAIの知識は不要
社労士法の線引き	✅ 全部事務所が行うので明確	✅ 明確	✅ 1号・2号業務は先生方、事務作業のみ受託

9-1. AI社員AIKATAが選ばれる5つの理由

増員・外注・自作・ソフトの乗り換え・手作業の継続は、どれも事務所が人か仕組みを抱え続ける道です。作業そのものを手放せる道は、AI社員AIKATAに任せることだけです。

フレックスタイム制の集計で仕組みを作れば、同じ考え方を、36協定の上限時間の管理、年次有給休暇の確認、固定残業代の確認など、勤怠まわりの他の業務にも広げていけます。

次の繁忙期を、職員を増やさずに越える準備を始めませんか

フレックスタイム制の労働時間管理は、勤怠データの集計・総枠との比較・時間外の判定・精算一覧の作成という、事務作業の積み重ねです。
無料相談（60分・オンライン）では、いまの事務所の業務を棚卸しし、どの作業から任せられるかをその場で整理します。人を増やす・ソフトを替えると決める前に、一度お話しください。

職員を増やす・外注する・AIを自作する・ソフトを替える——どの道を選んでも、集計・入力・確認の作業か、それを回す人と仕組みが事務所に残り続けます。

AI社員AIKATAなら、いまお使いの給与ソフト・手続きソフトはそのまま、顧問先ごとのルールも登録して処理し、事務所に残るのは仕上がりの確認と承認だけです。どの業務から任せられるかは、無料相談（60分・オンライン）でその場で整理します。

よくある質問

Q. フレックスタイム制とは何ですか？

A. 一定期間（清算期間）の総労働時間の範囲内で、労働者が日々の始業・終業時刻と労働時間を自分で決められる制度です。導入には、就業規則等への規定と、労使協定の締結が必要です。

Q. フレックスタイム制の1日の労働時間は決まっていますか？

A. 日ごとの労働時間は労働者が決めます。ただし、労使協定で「標準となる1日の労働時間」を定める必要があり、これは年次有給休暇を取得したときの基準になります。

Q. フレックスタイム制の清算期間は何か月まで設定できますか？

A. 上限は3か月です。清算期間が1か月を超える場合は、労使協定を所轄の労働基準監督署長に届け出る必要があります。

Q. フレックスタイム制では残業代は出ませんか？

A. 出ます。清算期間の実労働時間が、法定労働時間の総枠を超えた分が時間外労働になり、割増賃金の対象です。時間外労働をさせるには、36協定の締結と届出が必要です。

Q. フレックスタイム制の欠点は何ですか？

A. チーム内のコミュニケーションや会議の設定が難しくなること、勤怠管理が複雑になること、自己管理不足による長時間労働のリスク、向かない職種があることなどが挙げられます。

Q. コアタイムがないフルフレックスでも、導入できますか？

A. 導入できます。コアタイムやフレキシブルタイムは、設けるかどうかが任意です。ただし、就業規則への規定と労使協定の締結は、コアタイムがない場合も必要です。

Q. 社労士事務所がフレックスタイム制の労働時間管理の事務作業をAIに任せても、社労士法上問題ありませんか？

A. 行政機関への提出手続きの代行（1号業務）や帳簿書類の作成（2号業務）は、社会保険労務士法に基づき先生方が行う業務です。AI社員AIKATAは、これらを引き受けません。AIが担うのは、その前段にある給与計算・勤怠の集計・書類の下準備・資料回収の一次対応といった事務作業で、最終確認と承認は常に事務所が行います。個別の運用が社労士法に適合するかは、所属の社労士会や専門家にもご確認ください。

Q. いま使っている給与ソフトや勤怠システムのままで、AI社員AIKATAは使えますか？

A. はい。AI社員AIKATAは特定のソフトに限定せず、事務所がいま使っている給与ソフト・勤怠システムをそのまま使い、画面操作を含めて自動化します。顧問先にソフトの乗り換えをお願いする必要はありません。事務所の環境に合わせた運用の組み方は、無料相談（60分・オンライン）で整理します。

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